Het ondiepe brakke water en het unieke ecosysteem van de Atlantische Oceaan in de lagune worden beschermd door de eilanden. Hierdoor is een verbazingwekkende verscheidenheid aan flora en fauna ontstaan. Doordat het water van de lagune relatief warm is, is het bovendien ook heel voedzaam. U vindt hier een scala aan schelpdieren, zoals oesters en venusschelpen, de grootste kolonie zeepaardjes van Europa en een grote verscheidenheid aan vis. Zij vormen weer een voedingsbron voor de vele vogels die hier komen broeden en fourageren.
Een andere belangrijke reden voor de biodiversiteit is de dynamische omgeving. Door de getijden en de variërende hoeveelheid vers water verandert het zoutgehalte constant. Ook de fysieke vorm van de lagune is veranderlijk. Er komen steeds nieuwe kanalen en kleine eilandjes bij.
Het bezoekerscentrum van het Nationaal Park van de Ria Formosa bevindt zich in Olhão. Het biedt informatie en hier beginnen ook wandelroutes, die u - al dan niet begeleid door een deskundige gids - kunt volgen.
